Управление Учреждением осуществляется в соответствии с Федеральными законами, Законами Оренбургской области, нормативными правовыми актами и Уставом ГКОУ СКШИ для детей – сирот и детей, оставшихся без попечения родителей с.Зиянчурино Кувандыкского городского округа Оренбургской области на основах сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом учреждения является директор учреждения, который осуществляет текущее руководство деятельностью учреждения.